“醫者重仁，武者取義。”兩者既是中國的傳統精神，亦是《俠膽醫神》所宣揚的仁義精神。影帝鄭則士所飾演的李三寶，自少為大德和尚收養在山上寺院學醫習武，在佛法的日夕薰陶下，養成澤心仁厚的個性。大德和尚為磨練三寶，逐遣其到京中著名藥店“回春堂”由低層開始學習。三寶忠厚老實，初時人人皆存心欺負之，只有由陳煒飾演的“回春堂”少主楊翩翩一直維護三寶。但三寶對人從不計較，一直以恕待人。

及後京中爆發疫症，“回春堂”面臨生死存亡，三寶憑捨己為人的精神力挽狂瀾，最終保住“回春堂”金漆招牌，更令所有欺負過他的人刮目相看，就連京城小霸王亦深為拜服，決改邪歸正，帶領幫眾投入三寶門下。三寶由不通世務的小郎中，成人人敬重的京中名醫後，為秉承師父遺訓濟世救人，遂自立門戶開辦“三寶醫館”。但醫館所收留的小孤女溫柔，牽涉當朝王爺刺殺皇帝的秘密，為殺人滅口，王爺遂命殺手對付“三寶醫館”。在敵強我寡、敵暗我明之下，三寶既要保護小孤女溫柔，又要力保醫館，唯有與一眾徒兒拚死與之周旋，最後更身中劇毒，性命垂危。究竟三寶是生是死？溫柔能否逃過魔掌？三寶師徒最終能否戰勝惡勢，令醫者的仁義精神長存於世呢？劇中將有峰迴路轉的結局，教人大為驚嘆！