《無間道》故事的主角是兩名臥底人士，分別為警方和黑社會做事。當兩人的身份一下子將近暴露，他們要盡快找出對方是誰，以解除自身危險。

劉健明（劉德華飾）是香港黑社會成員，大約十年前，按老大韓琛（曾志偉飾）吩咐，加入香港警隊，為黑幫潛伏於警察中的臥底。劉健明果然不負所望，晉升至高級督察。其實，劉的功勞全仗韓琛為其提供其餘幫派的犯罪情報，韓琛也得以鏟除對手，乘勢擴張，成為龐大的毒品供應者。

陳永仁（梁朝偉飾）考入警校後，受訓中途便遭革除。表面上的理由是不守紀律，實際上卻成為重案組警官黃志誠（黃秋生飾）派到黑社會的臥底。輾轉十年間，陳永仁跟隨過多個黑道中人。最近三年，他的老大正是毒品大王韓琛（同時也是警方準備要一舉殲滅的對象）。陳永仁因為多次傷人，被法庭強制接受心理輔導。

警方重案組根據線人的情報，得知有一批毒品交易。在刑事情報科的支援下，重案組已經鎖定目標人物韓琛。不料，雙方均發生情報外洩，黑幫被逼毀去毒品，警方因此也失去交易的證據。這一事件，暴露了雙方都有臥底在對方陣營之中，從此引發兩方面清除內奸的舉動，也因此兩人都不斷在為自己找出路。

陳永仁在心理輔導的過程中，與心理醫生李心兒（陳慧琳飾）相處多時，產生微妙感情，不禁稍有透露自己的秘密，為日後重現身份埋下伏筆。

韓琛與黃志誠兩個老對手，終於走到將對方置於死地的一步，就看誰比誰快誰比誰狠...

由於黃志誠與臥底的密會行蹤被劉健明洩露，韓琛遂先發制人動員幫派所有成員前往圍殺，黃志誠為保護陳永仁，堅不肯吐露陳永仁的臥底身分，被圍毆十分鐘後從頂樓墜落當場死亡。

劉健明為了更上層樓也為了擺脫掣肘，決定與警方頭號公敵韓琛劃清界線，於是想方設法聯絡上了黃志誠的臥底陳永仁……

此時的陳永仁一心想為黃志誠報仇，劉健明則勸他反黑為白，這樣既能為黃報仇又能恢復警察身分；於是陳永仁便與劉健明合作……

最戲劇性的一幕：身為高級督察的原小混混，拿槍指著倉皇逃命請求援助的原老大韓琛：「你自己選的」（十年前，韓琛曾告訴正準備當臥底的他們：「路怎麼走，你們自己選啊」）……

兩個命運迥異卻又如此相似的角色，在這個剷除內奸的過程中，雙方紛紛扮演黑與白的臥底，多番面臨揭穿面具的危機，又偏偏難以脫離半生的虛假身份，就像墮入佛門講述的無間地獄，永無翻身之機。

來源：維基百科。