故事為緊接倩女幽魂中燕赤霞及寧采臣二人合力將千年樹妖暫時封印後的故事。一百年後，小和尚十方（梁朝偉飾）隨師父白雲（劉洵飾）護送金佛，在蘭若寺遇到女鬼小卓（王祖賢飾）與小蝶（利智飾）。十方放走小卓，但白雲卻被復活了的千年樹妖所擒。千年樹妖逼小卓嫁給黑山老妖，小卓向十方求助，十方掘出小卓骸骨逃出蘭若寺，並在劍俠燕赤霞（張學友飾）的幫助下救出師父。在鬥法中燕赤霞與高僧白雲合力消滅了千年樹妖，但此時黑山老妖卻欲將其一網打盡。十方唯有化成佛祖金身，由小卓帶著飛上天空接太陽純陽之氣，藉以消滅老妖。

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